Ce chef-d’œuvre de Francisco de Zurbarán pourrait provenir du couvent franciscain des Descalzas Reales de Madrid. Il aurait pu être donné au XVIIe siècle au couvent « des Colinettes » de Lyon par la reine d’Espagne Marie-Anne d’Autriche. Il fut acquis à la fin du XVIIIe par le peintre et graveur lyonnais Jean-Jacques de Boissieu, auquel le musée des Beaux-Arts de Lyon l’acheta à son tour en 1807. 

Dans un climat de dévotion mystique propre à l’Espagne du Siècle d’Or, le peintre sévillan livre l’une des rares représentations du saint tel qu’il aurait été retrouvé par le pape Nicolas V en 1449, dans la crypte où le saint était inhumé à Assise. Il lui serait alors apparu intact, debout et extatique. La vision du spectateur correspond à la vision miraculeuse du pape mis en présence de la dépouille du saint, qui semble poursuivre son dialogue avec Dieu en dépit de son trépas.

L’effet produit est d’autant plus saisissant que la composition est d’une simplicité extrême et que la palette est elle-même quasiment réduite aux ocres et aux bruns. La lumière et les ombres profondes découpent avec vigueur les volumes qui composent la silhouette de saint François, tout entier tourné vers les cieux. Le décor n’est évoqué que par l’arc de la niche à l’arrière-plan et par l’ombre portée du corps du saint sur la paroi de son caveau et sur le sol au-dessus duquel il semble flotter.