Les débuts de la collection : des chefs-d'œuvre et des fleurs
En 1801, Lyon fait partie des 15 villes choisies par le gouvernement pour la création de musées en région. Lyon se distingue, avec la dotation la plus importante concédée à un musée, soit cent-dix tableaux envoyés en 1803, 1805 et 1811. Ces tableaux saisis pendant la Révolution et les conquêtes napoléoniennes, qui ont été envoyés au musée de Lyon entre 1803 et 1811 en constituent la collection originelle. Parmi ceux-ci figurent des œuvres majeures du XVIe siècle vénitien (Tintoret, Véronèse) et un prestigieux ensemble de tableaux de grand format du XVIIe siècle français (Philippe de Champaigne, Jean Jouvenet, Eustache Le Sueur, Charles Le Brun). D’importants tableaux de Rubens et Jordaens furent également envoyés, les peintres flamands étant alors considérés comme des maîtres du coloris, à même d’inspirer les dessinateurs de l’industrie lyonnaise de la soie.
En 1815, l’aménagement d’un « salon de la Fleur » répond à une préoccupation locale de fournir des modèles aux dessinateurs de la Fabrique de la soie. Un important ensemble de peintures de fleurs est constitué, rassemblant tant des œuvres nordiques ou françaises du XVIIe siècle que des créations contemporaines.
Quelques années plus tard, l'école lyonnaise de peinture trouve sa place au musée par l’aménagement d’une galerie spécifiquement dédiée, accompagnant une politique active et régulière d’achats effectués par la Ville de Lyon auprès des artistes eux-mêmes. Parallèlement, d’importants envois de l’État (Eugène Delacroix, Nicolas Toussaint Charlet) offrent en contrepoint une vision de la scène nationale. En 1883, Pierre Puvis de Chavannes est sollicité pour réaliser le décor peint d’un escalier nouvellement aménagé : il livre quatre compositions qui comptent parmi ses réalisations les plus importantes.
Impressionnistes et Modernes
Dans les premières années du XXe siècle, le musée développe, sous l’impulsion d’amateurs éclairés, conduits par le médecin et collectionneur Raymond Tripier, une ambitieuse politique d'acquisitions qui lui permet de réunir très tôt une collection d'œuvres impressionnistes (Auguste Renoir, Édouard Manet, Claude Monet). Il est alors le premier en France à initier une telle politique, et fait figure de pionnier avec l’achat dès 1913 d’un tableau de Paul Gauguin. Cet âge d’or se double d’un renforcement actif des grands maîtres du XIXe siècle (Théodore Géricault, Camille Corot, Gustave Courbet, Honoré Daumier).
De nombreux dons, des achats importants et de grandes expositions confirment ensuite l'intérêt que le musée porte aux artistes modernes (Georges Braque, Pablo Picasso, Henri Matisse et Nicolas de Staël, notamment).
Le legs de Jacqueline Delubac vient enrichir en 1997 la collection impressionniste et la section d'art moderne avec des œuvres majeures d’Édouard Vuillard, Pablo Picasso, Fernand Léger, Francis Bacon.
Le département des peintures présente aujourd'hui un panorama très complet de la peinture européenne du XIIe siècle jusqu’à nos jours. Le XVIIe siècle italien et français, ainsi que le XIXe siècle et l'art moderne, constituent les points forts de la collection. Celle-ci continue de s’enrichir grâce à une politique active d’acquisitions majeures, qui s’attache à illustrer certains artistes jusque-là absents tout en renforçant les particularités de cet ensemble : Homme au béret noir tenant une paire de gants de Corneille de Lyon, La Mort de Chioné et La Fuite en Égypte de Nicolas Poussin, Le Rocher et L’Abreuvoir de Jean Honoré Fragonard, L’Arétin et l’envoyé de Charles Quint de Jean Auguste Dominique Ingres, ou encore deux peintures de Pierre Soulages qui illustrent l’ouverture de la collection vers la création contemporaine.