Le chantier du décor de Saint-Germain-des-Prés est un travail d’équipe, s’inscrivant dans une tradition de pratique collective qui remonte au Moyen Âge.

Hippolyte Flandrin s’associe avec son frère cadet Paul, spécialiste de la peinture de paysage, qui travaille toujours à ses côtés. Il engage également de jeunes peintres, choisis parmi ses élèves, qui l’assistent et auxquels il assure ainsi un revenu : d’abord Louis Lamothe et Joseph Pagnon, puis Jean-Baptiste Poncet et Auguste Gastine.

Il collabore également avec un spécialiste de la peinture d’ornements, Alexandre Denuelle. Celui-ci intervient alors sur de nombreux chantiers, aussi bien pour des églises que des édifices publics, ainsi que des restaurations de monuments. Son travail se caractérise par un goût de la couleur et une grande inventivité des motifs, inspirés des manuscrits enluminés médiévaux, restituant ainsi une certaine vision de la polychromie des églises du Moyen Âge. Il est l’auteur du ciel bleu étoilé sur la voûte de Saint-Germain-des-Prés.

Très attentif à la diffusion de ses créations, Hippolyte Flandrin supervise la reproduction par la gravure du décor de la nef, qui sera achevée après son décès par son collaborateur Jean-Baptiste Poncet. Des prises de vues photographiques seront également réalisées, ce qui constitue encore une prouesse à une date aussi précoce. Plus tard, des cartes postales seront éditées et des livres pieux seront illustrés par les compositions de la nef, contribuant à son succès.