Au début des années 2010, l'ensemble des décors de l’église Saint-Germain-des-Prés, déjà restaurés à plusieurs reprises par le passé, avaient noirci et étaient devenus peu lisibles, à cause du dépôt de particules engendrées par la combustion des cierges, les systèmes de chauffage et la pollution. Entre 2016 et 2020, un grand chantier de restauration, organisé en plusieurs phases successives, a permis de retrouver la splendeur de ces 8 000 m2 de surface peinte.
La maîtrise d'ouvrage de ce chantier a été assurée par la Conservation des œuvres d’art religieuses et civiles (COARC), service de la Direction des affaires culturelles de la Ville de Paris, propriétaire de l'église. La maîtrise d’œuvre est revenue à Pierre-Antoine Gatier, architecte en chef des monuments historiques, et son agence. Une équipe de restaurateurs a été réunie, sous la conduite d’Émilie Checroun, spécialiste de peinture murale. Enfin, la Conservation régionale des monuments historiques, de la Direction régionale des affaires culturelles d’Île-de-France, ainsi qu’un comité scientifique, auquel le musée des Beaux-Arts de Lyon a été associé, ont contribué au suivi du chantier.
Dès 2015, des prélèvements ont été réalisés en différents endroits de l'église par le Laboratoire de recherche des monuments historiques, de l'entrée de la nef jusqu'au chœur. Grâce à ces analyses, les restaurateurs ont pu connaître la stratigraphie des peintures, de la couche de préparation sur le mur à la nature des pigments et des dépôts noirs et altérations diverses. Celles-ci ont également permis de constater l'évolution des procédés utilisés par Hippolyte Flandrin sur ce très long chantier. Les résultats, précieux pour l'histoire de l'art et la connaissance matérielle de ces décors peints du XIXe siècle, sont également indispensables pour établir un diagnostic et mettre en place un protocole pour la poursuite du chantier.
En préambule, les restaurateurs ont réalisé des tests sur différentes zones. Ceux-ci avaient comme objectif de mieux connaître la réaction des matériaux en présence et de mettre en place des méthodes de nettoyage les plus inoffensives possibles, donnant le meilleur résultat dans un délai de travail déterminé. À l'issue de ces tests, le comité scientifique a pu décider collégialement, zone par zone, de la nature des opérations à mener.
Le parti pris de cette restauration vise à assurer la conservation et la lisibilité des décors réalisés par Hippolyte Flandrin et Alexandre Denuelle. Les retouches ont été autant que possible limitées ; aucune restitution systématique n'a été engagée. Ainsi, certaines lacunes ou certains repeints ne nuisant pas à la compréhension générale ont été conservés ou simplement harmonisés. Restaurer des décors « à l'identique » est impossible, car effacer les usures du temps ne peut être réalisé : le respect des principes déontologiques privilégie des interventions réversibles, qui ont pour objectif de restituer un effet d'ensemble et une bonne compréhension de l’œuvre.
Ce projet bénéficie du généreux soutien de FRench American Museum Exchange (FRAME), réseau dont le musée des Beaux-Arts de Lyon est membre, dans le cadre d’un programme de subvention d’urgence aux musées initié à l'occasion de la crise Covid-19.